Trudny technicznie, ważny diagnostycznie – ekson ORF15 genu RPGR w zwyrodnieniu barwnikowym siatkówki - Ołdak, Monika; Ruszkowska, Ewelina; Siwiec, Sylwia; Pollak, Agnieszka; Stawiński, Piotr; Szulborski, Kamil; Szaflik, Jacek P. (Klinika Oczna / Acta Ophthalmologica Polonica, 2016)
Celem pracy jest identyfikacja podłoża genetycznego zwyrodnienia barwnikowego siatkówki w polskiej rodzinie, w której wcześniej wykluczono udział większości znanych genów związanych z chorobą oprócz eksonu ORF15 genu RPGR (Xp21.1). ORF15 to region DNA trudny do analizy z uwagi na powtarzalne fragmenty sekwencji, wysoką zawartość zasad purynowych i dużą liczbę wariantów polimorficznych. Materiał do badań stanowiło genomowe DNA wyizolowane z krwi obwodowej od członków badanej rodziny (n=9). Ekson ORF15 amplifikowano w reakcji łańcuchowej polimerazy do długich matryc i sekwencjonowano metodą następnej generacji. Wykrytą zmianę potwierdzano poprzez bezpośrednie sekwencjonowanie metodą Sangera amplikonu obejmującego miejsce mutacji. W obszarze ORF15 wykryto delecję NM_001034853:c.2899delG (p.E967Kfs*122), która w pełni segregowała z chorobą w badanej rodzinie. Zidentyfikowana zmiana ma charakter patogenny i już wcześniej powiązano ją z występowaniem zwyrodnienia barwnikowego siatkówki. Szacuje się, że ponad połowa mutacji identyfikowanych w genie RPGR umiejscawia się w obszarze ORF15. W rodzinach, w których podejrzewa się dziedziczenie zwyrodnienia barwnikowego siatkówki sprzężone z chromosomem X, oraz u mężczyzn z negatywnym wywiadem rodzinnym w kierunku tej choroby badania genetyczne należy rozpoczynać od poszukiwania mutacji w ORF15.