Aktualnie rozpoznanie choroby śródmiąższowej płuc wymaga potwierdzenia badaniem histopatologicznym, niemniej ważne dla rozpoznania choroby i późniejszego jej monitorowania są informacje na temat populacji komórek, które można dzisiaj szybko uzyskać – w ciągu kilku godzin od pobrania materiału – w badaniu immunocytometrycznym materiału cytologicznego uzyskanego z płukania oskrzelikowo-pęcherzykowego. Typowa ocena cytometryczna uwzględnia przede wszystkim ocenę immunofenotypową limfocytów i ich stanu aktywacji. Jest także bardzo pomocna w diagnostyce rozrostów nowotworowych z komórek dendrytycznych (histiocytoza CD1+, HLA DR+, S100+) i różnicowaniu nietypowych postaci chłoniaków. Surowica pacjentów powinna być także przebadana na obecność typowych przeciwciał, które mogą się wiązać z patogenezą chorób śródmiąższowych płuc.