Pomimo postępu wiedzy na temat nieswoistych chorób zapalnych jelit, zwłaszcza w zakresie ich tła immunologicznego i genetycznego, nie przyjęto standardu w diagnostyce tych chorób, a diagnoza może być postawiona na podstawie oceny klinicznej, badań radiologicznych i badań endoskopowych z oceną histopatologiczną. W praktyce ostateczne rozpoznanie niektórych przypadków nie jest możliwe i te przypadki określa się jako postać nieokreśloną – indeterminate colitis. Obecnie duże nadzieje wiąże się przede wszystkim z diagnostycznym znaczeniem wielu oznaczeń serologicznych. Wyraźny postęp dokonał się w rozwoju metod leczniczych ingerujących w różne etapy procesów immunologicznych, zwłaszcza wpływających na działanie czynnika martwicy nowotworów alfa.