Zakażenia wysokoonkogennymi typami wirusa brodawczaka ludzkiego (ang. Human Papillomavirus – HPV) są uznaną niezbędną przyczyną rozwoju inwazyjnego raka szyjki macicy. Mogą one powodować także rozwój śródnabłonkowych neoplazji anogenitalnych w obrębie pochwy i sromu, stanowiących zmiany prekursorowe ponad połowy przypadków raków płaskonabłonkowych tych narządów. Zakażenia HPV okolicy odbytu u obu płci wiążą się przyczynowo ze zdecydowaną większością raków kanału odbytu, natomiast u mężczyzn infekcje HPV odpowiedzialne są za ok. 50% przypadków raków prącia. Wykazano także wysoką częstość występowania DNA HPV w rakach głowy i szyi, przy czym najczęściej z tym zakażeniem wiąże się rak migdałków. Brodawki płciowe są łagodnymi, lecz uporczywymi zmianami wywołanymi niskoonkogennymi typami HPV, znacząco obniżającymi jakość życia 1% populacji aktywnej seksualnie. Brodawczaki krtani wywoływane głównie przez HPV typu 6 i 11, chociaż łagodne histopatologicznie, przedstawiają poważny problem kliniczny ze względu na nawrotową obstrukcję dróg oddechowych.