Alergia IgG-zależna może być jedną z przyczyn rozwoju lub podtrzymania chorób przewodu pokarmowego, takich jak zespół jelita nadwrażliwego (irritable bowel syndrome – IBS) czy nieswoiste zapalenie jelit (inflammatory bowel disease – IBD). Reakcje, w których biorą udział przeciwciała IgG, powodują bardziej opóźnioną odpowiedź w porównaniu z alergią IgE-zależną. Nieprawidłowe reakcje IgG-zależne na pokarm skutkują powstaniem kompleksów immunologicznych i w kon­sekwencji przewlekłym stanem zapalnym. Mimo to alergia IgG-zależna jest kontrowersyjna, gdyż niektórzy nau­kowcy uważają opisane reakcje za fizjologiczne. Dieta eliminacyjna oparta na wynikach badania dotyczącego IgG względem swoistych antygenów pokarmowych przynosi korzyści w terapii IBS i IBD.