Mimo gwałtownego postępu związanego z diagnostyką choroby Leśniowskiego-Crohna, szczególnie w zakresie badań molekularnych, postęp terapeutyczny w tej jednostce chorobowej nadal nie daje w pełni oczekiwanych efektów. Dokonano już porównania stosowanej dotychczas metody step-up z coraz bardziej uznawaną metodą top-down, częściej dyskutuje się też o uzasadnieniu stosowania steroidów w tej jednostce chorobowej, doceniając zalety stosowania analogów puryn. Poszerza się też wskazania do leczenia biologicznego. Kolejnym krokiem, dającym możliwość przewidywania efektów leczniczych, jest zastosowanie w praktyce metod farmakogenetyki. Jednak żaden ze stosowanych modeli leczenia nie pozwala na uzyskanie trwałych efektów, co powoduje również rozwój niekonwencjonalnych metod terapii choroby Leśniowskiego-Crohna. Biorąc pod uwagę niedoskonałość dotychczasowych metod leczniczych i to zarówno konwencjonalnych, jak i niekonwencjonalnych, nadal jesteśmy daleko od idealnego leku mającego wpływ na modyfikację przebiegu choroby Leśniowskiego-Crohna.