Powikłania metaboliczne choroby Leśniowskiego-Crohna stanowią następstwo złożonej patogenezy schorzenia, co prowadzi do zaburzeń wchłaniania, niedożywienia, niedoborów witamin, związków mineralnych. Szereg powikłań może być także następstwem stosowanych często w sposób długotrwały, intensywnych form farmakoterapii powodujących m.in. osteoporozę, nasilanie procesów katabolicznych.