Mikroflora jelitowa odgrywa ważną rolę w etiopatogenezie i przebiegu nieswoistych chorób zapalnych jelit (NChZJ). U pacjentów z tymi schorzeniami stwierdza się znaczne zróżnicowanie w składzie bakterii jelitowych w porównaniu z osobami zdrowymi. Nie udało się dotąd znaleźć specyficznego czynnika infekcyjnego odpowiedzialnego za powstanie NChZJ. Istnieją doniesienia uwzględniające wyniki badań na modelach zwierzęcych oraz metodą reakcji łańcuchowej polimerazy (polymerase chain reaction – PCR) i hodowli bakteryjnej u pacjentów z NChZJ, z których wynika, że wykryto bakterie z gatunku Helicobacter inne niż H. pylori stanowiące tzw. szczepy jelitowo-wątrobowe. Występują one znamiennie częściej w tkance błony śluzowej jelit u dorosłych i dzieci z NChZJ, a nawet w próbkach kału dzieci z chorobą Leśniowskiego-Crohna (ChLC). Jednocześnie zwraca uwagę mniejsza częstość występowania infekcji H. pylori w żołądku osób z NChZJ, a zwłaszcza z ChLC. Badania te wymagają jednak kontynuowania, aby uzyskać odpowiedź na pytanie, czy drobnoustroje z gatunku Helicobacter uczestniczą w etiopatogenezie NChZJ.