Mikroflora jelitowa odgrywa ważną rolę w powstawaniu i przebiegu wrzodziejącego zapalenia jelita grubego (WZJG) i choroby Leśniowskiego-Crohna (ChLC), określanych mianem nieswoistych zapaleń jelit (NZJ). Nie ma obecnie dowodu na istnienie specyficznego patogenu wywołującego te schorzenia, chociaż w wielu doniesieniach sugeruje się udział Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis w etiopatogenezie ChLC. Saprofityczna flora jelitowa mająca istotne znaczenie w prawidłowym funkcjonowaniu organizmu gospodarza pozostaje w stanie homeostazy z jelitowym systemem immunologicznym. Zaburzenia ochronnych mechanizmów odpornościowych i regulacyjnych mogą powodować wzbudzenie nieprawidłowych reakcji immunologicznych i rozwój reakcji zapalnych prowadzących do uszkodzenia tkanki jelitowej. W przebiegu NZJ stwierdza się znaczne odmienności w składzie i funkcji bakterii jelitowych w porównaniu z osobami zdrowymi. Modyfikacje terapeutyczne dotyczące mikroflory bakteryjnej mogą stanowić istotny postęp w zakresie leczenia aktywnych postaci i podtrzymywania remisji NZJ.