W zakażeniach układu oddechowego spowodowanych przez bakteryjne patogeny konieczne jest podawanie antybiotyków. Zakażenia wywołane przez bakterie atypowe i zakażenia inwazyjne wymagają szczególnej uwagi, ponieważ mogą one promować lub wywoływać ciężką niewydolność oddechową. Z tego powodu właściwa terapia antybiotykowa musi być stosowana zgodnie z przyjętymi standardami i doświadczeniem klinicznym. Podobnie w ciężkich zapaleniach płuc wybór antybiotyku pierwszego rzędu do stosowania natychmiastowego wynika z terapii empirycznej, a dopiero później może być modyfikowany stosownie do wyników badań mikrobiologicznych.