Zespół przerostu flory bakteryjnej jelita cienkiego (small intestinal bacterial overgrowth syndrom – SIBO) charakteryzuje się wzrostem ilości i/lub nietypowym rodzajem bakterii w jelicie cienkim. Podobieństwo niektórych objawów, większa częstość występowania SIBO u pacjentów z zespołem jelita nadwrażliwego (irritable bowel syndrome – IBS) oraz poprawa kli­niczna po antybiotykoterapii były podstawą teorii przerostu bakteryjnego w IBS. Według autorów tej teorii pierwotnym stanem jest SIBO, a wystąpienie objawów IBS ma charakter wtórny. Teoria przerostu bakteryjnego może wyjaśniać wiele elementów IBS, takich jak uczucie wzdęcia, pełności poposiłkowej, zaburzenia motoryki czy aktywacja układu immunologicznego. Nie wszyscy jednak akceptują tę teorię. Jej przeciwnicy uważają, że IBS jest zjawiskiem pierwotnym, w którym występują zaburzenia motoryki przewodu pokarmowego, nadwrażliwość czucia trzewnego i zaburzenia autonomiczne, co stwarza sprzyjające warunki do namnażania się bakterii i wtórnego przerostu bakteryjnego. W pracy przedstawiono teorie i wyniki badań dotyczących SIBO i IBS. Zależności po­między tymi zespołami są nieznane i wymagają dalszych badań.