Coraz więcej dowodów wskazuje dysbiozę przewodu pokarmowego jako główny element patogenezy gastrologicznych objawów post-COVID i long COVID. Oddziaływanie mikroorganizów wchodzących w skład mikrobioty jelitowej na funkcjonowanie przewodu pokarmowego zachodzi m.in. poprzez: krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe (SCFA), lipopolisacharyd (LPS), a także gazy, takie jak wodór, metan lub siarkowodór. Współczesność stawia nowe wyzwania dotyczące identyfikacji rodzaju dysbiozy, co w konsekwencji może się przyczynić do optymalizacji leczenia chorób związanych z dysfunkcją osi mózg–jelito–mikrobiota.