Stosowanie leków w programach lekowych wzbudza wiele wątpliwości zarówno po stronie pacjentów, jak i podmiotów leczniczych. Podstawowe pytanie, jakie rodzi się w tym kontekście, dotyczy prawa pacjenta do równego dostępu do leczenia oraz prawa lekarza reprezentującego podmiot leczniczy do wyboru określonego leku.