Wiele racjonalnie uzasadnionych postulatów dotyczących charakterystyki grup, klasyfikacji procedur zostało uwzględnionych. NFZ ocenia, że często jednak formułowane wnioski wynikały z braku znajomości systemu, np. propozycja Polskiego Towarzystwa Mukowiscydozy, wsparta przez konsultanta krajowego w dziedzinie pediatrii, dotycząca umieszczenia rozpoznania mukowiscydozy w kilkunastu grupach bazowych, jako sprzeczna z zasadami systemu, nie mogła być uwzględniona. Podstawą analizy systemu JGP muszą być jednak wiarygodne dane kosztowe, a tych na razie nie ma.