Praktyka prowadzenia badań klinicznych w Polsce napotyka na wiele trudnych problemów związanych z przetwarzaniem danych osobowych. Dotychczas nie ma w tej materii jakiegokolwiek oficjalnego stanowiska organu powołanego do ochrony danych osobowych, czyli Generalnego Inspektora Danych Osobowych (GIODO), co jedynie wzmaga rozbieżności interpretacji prawnych w zakresie zastosowania przepisów o ochronie danych osobowych.