Krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe, w tym kwas masłowy, wykazują troficzny wpływ na kolonocyty, a tym samym na utrzymanie homeostazy błony śluzowej. W zmienionej zapalnie błonie śluzowej dochodzi do upośledzenia wchłaniania do kolonocytów maślanu z jednoczesnym wzrostem aktywności transportera glukozy, co w konsekwencji ogranicza wewnątrzkomórkową dostępność maślanu, a tym samym zmniejsza jego ochronne działanie. Poza tym w stanach ostrych infekcji kwasy te stymulują mechanizmy obronne przeciwzapalne oraz pobudzają produkcję immunoglobuliny A. Sugeruje się również, że układ endokannabinoidowy jelit ma modulujący wpływ na układ odpornościowy, motorykę, czucie i wydzielanie. Osoby przyjmujące narkotyki wykazują zmianę mikrobioty jelitowej z jednoczesną promocją translokacji bakteryjnej do tkanek. Pojawiają się dowody, że krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe mogą wówczas działać przeciwzapalnie. Podobnie jest w przypadku alkoholu, kiedy dochodzi do dysbiozy i do uwalniania endoskotoksyn promujących proces zapalny. Wydaje się więc, że w tych sytuacjach maślan sodu ma swoje miejsce w terapii.