Sytuacja w Funduszu pod względem finansowym nie napawa optymizmem. Dyrektorzy poszczególnych oddziałów NFZ maja trudności w pokryciu tzw. nadwykonań. Wprowadzenie JGP i związane z tym ogromne możliwości płynnego zarządzania kontraktem sprawiło, że oddziały są ślepe, nie są w stanie zweryfikować zasadności merytorycznej świadczeń ponadlimitowych.