Choroby tkanki łącznej stanowią grupę chorób o złożonej etiologii, które cechuje nieprawidłowa aktywność układu immunologicznego. W ostatniej dekadzie duże zainteresowanie wzbudziła rola mikrobioty jelitowej jako potencjalnego czynnika modulującego przebieg chorób, takich jak toczeń rumieniowaty układowy i twardzina układowa. Odchylenia od prawidłowego składu mikrobioty jelitowej powodują liczne niekorzystne następstwa, które mogą prowadzić do progresji chorób tkanki łącznej. Dotychczas nie uzyskano jednoznacznej odpowiedzi na pytanie, czy dysbioza indukuje rozwój tych chorób, czy jest wtórnym zjawiskiem do patologicznych zmian zachodzących w przebiegu układowych chorób tkanki łącznej. Obecnie prowadzone są badania, które mają na celu opracowanie innowacyjnych strategii terapeutycznych opartych na regulacji składu bakterii jelitowych. Celem tych badań jest ograniczenie w przyszłości stosowania leków immunosupresyjnych obarczonych dużym ryzykiem wystąpienia działań niepożądanych, stosowanych w podstawowych algorytmach leczenia.