Sposób leczenia chorego na AZS zależy zarówno od wieku pacjenta, nasilenia objawów skórnych, subiektywnych (świąd, bezsenność), rozległości stanu zapalnego skóry, jak i rodzaju alergenów, na które chory jest uczulony. Ma to znaczenie w profilaktyce i ewentualnie przy podejmowaniu decyzji o immunoterapii swoistej.
W okresie remisji należy stosować właściwą pielęgnację suchej skóry atopowej, poprzez jej intensywne nawilżenie i natłuszczenie oraz przy użyciu emolientów doprowadzić do odbudowania ciągłości warstwy rogowej naskórka. Zapobiega to wzmożonej penetracji alergenów powietrznopochodnych przez skórę chorego.
W przypadku AZS o łagodnym przebiegu zalecany jest pimekrolimus (szczególnie u dzieci) oraz kortykosteroidy o najsłabszej mocy, stosowane metodą przerywaną.
W AZS o średnim nasileniu zaleca się zewnętrznie inhibitory kalcyneuryny – takrolimus i pimekrolimus lub glikokortykosteroidy z 4.–5. grupy klasyfikacji amerykańskiej, fototerapię PUVA lub UVB, a w wybranych przypadkach immunoterapię alergenową. W razie współistnienia zakażenia bakteryjnego podaje się ogólnie antybiotyki makrolidowe, chinolony lub cefalosporyny, w przypadku zakażenia wirusem herpes – acyklowir ogólnie przez 5–7 dni, a w przypadku zakażenia grzybiczego stosuje się odpowiednie leczenie przyczynowe.
Ciężka postać AZS stanowi wskazanie do leczenia cyklosporyną A (wyjątkowo kortykosteroidami ogólnie) oraz antybiotykami, jak w postaci o średnim nasileniu. Wymagane jest też rozważenie wieloletniej immunoterapii alergenowej.
W obrębie twarzy, fałdów, oczodołów korzystniejsze jest stosowanie preparatów pimekrolimus lub takrolimus, natomiast w przypadku zajęcia tułowia i kończyn, poza zgięciami, polecane są kortykosteroidy. Po uzyskaniu poprawy stanu klinicznego w ciężkich przypadkach AZS stosuje się leczenie, jak w odmianach o lżejszym przebiegu.
We wszystkich przypadkach w okresie zaostrzenia stanu zapalnego skóry stosuje się leki przeciwhistaminowe II generacji lub na krótki czas I generacji, w celu osiągnięcia m. in. sedacji. Następnie wskazana jest kontynuacja leczenia preparatami przeciwhistaminowymi II generacji. Stosowane są też leki uspokajające, natomiast nie poleca się leków antyleukotrienowych.
inhibitory kalcyneuryny.