Schizofrenia deficytowa jest wyodrębniana z grupy psychoz schizofrenicznych ze względu na obecność utrwalonych, pierwotnych objawów negatywnych. Różni się ona od form niedeficytowych w zakresie czynników ryzyka, historii rodzinnej, przebiegu choroby, odpowiedzi na leczenie, funkcjonowania neuropsychologicznego oraz różnic neurobiologicznych. Do oceny klinicznej wykorzystuje się Kwestionariusz zespołu deficytowego (Schedule for Deficit Syndrome – SDS). Pacjenci z tą postacią schizofrenii lepiej reagują na leczenie neuroleptykami atypowymi. Na podstawie danych dotyczących podłoża genetycznego uznaje się to schorzenie za jeden z endofenotypów schizofrenii.