Zaburzenia funkcji poznawczych mogą występować na każdym etapie rozwoju choroby, nawet wyprzedzając objawy fizykalne lub już przy zespole klinicznie izolowanym. Niestety, rzadko ulegają remisji. Brak jest korelacji pomiędzy kliniczną aktywnością choroby a stopniem zaburzeń funkcji poznawczych. Częściej obserwuje się je w postaci choroby przewlekle postępującej, zwłaszcza pierwotnie postępującej, niż w postaci przebiegającej z rzutami, ale ostatnio te obserwacje są coraz częściej dyskutowane. Do najczęściej występujących zaburzeń funkcji poznawczych należą: pamięć - zwłaszcza bezpośrednia, koncentracja, fluencja słowna, szybkość procesów myślowych, funkcje wykonawcze i podejmowanie decyzji. Badania funkcji poznawczych nie są rutynowo wykonywane, głównie z powodu ich czasochłonności.