Najnowocześniejsze narzędzia umożliwiły identyfikację ligandu białkowego SARS-CoV-2
Autor: Aleksandra Lang
Data: 27.03.2020
Źródło: Archives of Medical Science /Sayed Abdul Azeez, Zahra Ghalib Alhashim, Waad Mohammed Al Otaibi, Hind Saleh Alsuwat, Abdallah M. Ibrahim, Noor B. Almandil, J. Francis Borgio
| Tagi: | COVID-19, SARS-CoV-2, ligand |
Metoda in silico, która bazuje na najnowszych narzędziach, jest efektywną kosztowo, wstępną metodą identyfikacji odpowiedniego ligandu na SARS-CoV-2. W ramach badania stworzono strukturę 3D otoczki i fosfoproteiny nukleokapsydu wirusa SARS-CoV-2 oraz wykonano analizę dokowania molekularnego dla różnych ligandów.
Dzięki wykorzystaniu zaawansowanych narzędzi udało się zidentyfikować ligand białka koronawirusa SARS-CoV-2, który może być celem działania leków. Wybuch epidemii koronawirusa SARS-CoV-2 (poprzednia nazwa 2019-nCoV) w Wuhan w Chinach i innych częściach świata stał się dużym problemem, a COVID-19 rozprzestrzenia się poprzez kontakt między ludźmi, przy czym umieralność wynosi > 2%.
Nie istnieją żadne zatwierdzone leki ani szczepionki na wirusa SARS-CoV-2.
Metoda in silico, która bazuje na najnowszych narzędziach, jest efektywną kosztowo, wstępną metodą identyfikacji odpowiedniego ligandu na SARS-CoV-2. W ramach obecnego badania stworzono strukturę 3D otoczki i fosfoproteiny nukleokapsydu wirusa SARS-CoV-2 oraz wykonano analizę dokowania molekularnego dla różnych ligandów.
W przypadku najlepszego liganda otoczki (kwas mykofenolowy: Log P = 3,00; ΔG = -10,2567 kcal/mol; pKi = 7,713 μM) i fosfoproteiny nukleokapsydu (kwas 1-[(2,4-dichlorofenylo)metylo]pirazol-3,5-dikarboksylowy: Log P = 2,901; ΔG = -12,2112 kcal/mol; pKi = 7,885 μM) wirusa SARS-CoV-2 rozpatrywano najwyższy współczynnik podziału (log octanol/water partition coefficient), wysoką liczbę donorów i akceptorów wiązań wodorowych, najniższą energię oddziaływań niezwiązanych między receptorem a ligandem oraz wysokie powinowactwo wiązania.
W badaniu zidentyfikowano najsilniej działające związki na otoczkę i fosfoproteinę nukleokapsydu wirusa SARS-CoV-2, stosując metodę in silico, która bazuje na najnowszych narzędziach. Połączenie tych dwóch ligandów może stanowić najlepszą opcję, którą warto poddać analizie w dalszych, bardziej szczegółowych badaniach nad lekiem dla pacjentów zarażonych wirusem SARS-CoV-2 czy chorych na COVID-19.
Pełna treść artykułu:
State-of-the-art tools to identify druggable protein ligand of SARS-CoV-2
Nie istnieją żadne zatwierdzone leki ani szczepionki na wirusa SARS-CoV-2.
Metoda in silico, która bazuje na najnowszych narzędziach, jest efektywną kosztowo, wstępną metodą identyfikacji odpowiedniego ligandu na SARS-CoV-2. W ramach obecnego badania stworzono strukturę 3D otoczki i fosfoproteiny nukleokapsydu wirusa SARS-CoV-2 oraz wykonano analizę dokowania molekularnego dla różnych ligandów.
W przypadku najlepszego liganda otoczki (kwas mykofenolowy: Log P = 3,00; ΔG = -10,2567 kcal/mol; pKi = 7,713 μM) i fosfoproteiny nukleokapsydu (kwas 1-[(2,4-dichlorofenylo)metylo]pirazol-3,5-dikarboksylowy: Log P = 2,901; ΔG = -12,2112 kcal/mol; pKi = 7,885 μM) wirusa SARS-CoV-2 rozpatrywano najwyższy współczynnik podziału (log octanol/water partition coefficient), wysoką liczbę donorów i akceptorów wiązań wodorowych, najniższą energię oddziaływań niezwiązanych między receptorem a ligandem oraz wysokie powinowactwo wiązania.
W badaniu zidentyfikowano najsilniej działające związki na otoczkę i fosfoproteinę nukleokapsydu wirusa SARS-CoV-2, stosując metodę in silico, która bazuje na najnowszych narzędziach. Połączenie tych dwóch ligandów może stanowić najlepszą opcję, którą warto poddać analizie w dalszych, bardziej szczegółowych badaniach nad lekiem dla pacjentów zarażonych wirusem SARS-CoV-2 czy chorych na COVID-19.
Pełna treść artykułu:
State-of-the-art tools to identify druggable protein ligand of SARS-CoV-2
