Peptyd C jest wytwarzany w ilości zależnej od ilości wytwarzanej insuliny i jest najlepszym wskaźnikiem do pomiaru endogennego wydzielania insuliny u chorych na cukrzycę. Pomiary wydzielania insuliny przy użyciu peptydu C mogą być pomocne w praktyce klinicznej do określania odpowiedniego leczenia cukrzycy. Peptyd C odgrywa ważną klinicznie rolę w różnicowaniu między typem 1 a typem 2 cukrzycy. Niskie podstawowe stężenie peptydu C może być kryterium zakwalifikowania pacjentów początkowo zdiagnozowanych jako chorych na cukrzycę typu 2 do grupy chorych na cukrzycę typu 1. Stężenie peptydu C to także dobry prognostyk częściowej remisji klinicznej w pierwszym roku zachorowania na cukrzycę typu 1. Utajona autoimmunologiczna cukrzyca u dorosłych (latent autoimmune diabetes in adults, LADA) jest szczególną formą tej choroby, która jest klinicznie podobna do cukrzycy typu 2, ale obecne są w niej autoprzeciwciała przeciwtrzustkowe. Pomiary stężenia peptydu C i markerów immunologicznych mogą stanowić ważne dodatkowe narzędzia do ustalenia prawidłowej diagnozy. Trwałość peptydu C jest ważną cechą kliniczną MODY (maturity onset diabetes of the young), ponieważ pacjenci są często błędnie diagnozowani jako chorzy na cukrzycę typu 1 i leczeni insuliną. Peptyd C może być również wykorzystany przy selekcji pacjentów do przeszczepu komórek wysp i do monitorowania po przeszczepie. Wysokie stężenie peptydu C, które nie ulega korekcie przy hiperglikemii, może sugerować insulinooporność.