Polski naukowiec uzyskał pełną sekwencję genetyczną SARS-CoV-2
Autor: Monika Stelmach
Data: 23.04.2020
Źródło: Uniwersytet Gdański
Działy:
Aktualności w Koronawirus
Aktualności
Dr Łukasz Rąbalski z Uniwersytetu Gdańskiego jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną SARS-CoV-2. Wyniki badań opublikował w globalnej bazie danych GISAID. To ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa, co w przyszłości może się przyczynić do wytypowania szczepionki oraz leków.
Sekwencja genetyczna koduje wiele ważnych informacji, np. jak wirus „oszukuje” organizm człowieka, osłabiając jego odporność. Dzięki jej wyizolowaniu, czyli odkodowaniu wirusa, możliwe jest lepsze poznanie jego właściwości, m.in. jego pochodzenie zarówno w kontekście ewolucyjnym, jak i geograficznym, a w konsekwencji znalezienie szczepionki oraz leku.
Dr Łukasz Rąbalski, adiunkt w Zakładzie Szczepionek Rekombinowanych Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną koronawirusa SARS-CoV-2, który został wyizolowany bezpośrednio od polskiego pacjenta z Pomorza. Wcześniejszy genom z Polski zdeponowany w globalnej bazie danych GISAID pochodził z analizy wirusów namnożonych w laboratorium w liniach komórkach.
Do rozkodowania wirusa od pacjenta z Pomorza została zastosowana najnowsza generacja sekwenatorów firmy Oxford Nanopore Technologies, co oznacza brak dodatkowych procedur, które mogą wprowadzać zniekształcenia. Wykorzystano protokoły bioinformatyczne, opracowane wcześniej przez naukowców ARTIC do gromadzenia danych genetycznych w trakcie epidemii wirusa Ebola w Afryce.
Natomiast materiał genetyczny został wyizolowany w Pracowni Biologii Molekularnej Diagnostyki sp. z o.o. mieszczącej się w Siódmym Szpitalu Marynarki Wojennej w Gdańsku. Laboratorium to powstało dzięki przekazaniu specjalistycznej aparatury przez Uniwersytet Gdański - dwóch termocyklerów Light Cycler 480 II, dwóch komór laminarnych klasy BSL-2 oraz sprzętu uzupełniającego. W prace zaangażowani są pracownicy Diagnostyki oraz jako wsparcie w okresie pandemii doktoranci z Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed.
- Materiał genetyczny musi spełniać wiele norm jakościowych i ilościowych, aby możliwe było jego odkodowanie. W przypadku wirusów, których materiałem genetycznym jest jednoniciowy RNA stosuje się metody zwielokrotniające ilość materiału genetycznego. Standardowo, do tej pory, działo się to poprzez powielanie cząstek wirusowych w laboratoriach. Obecnie, dzięki osiągnięciom w dziedzinie biologii molekularnej, można zastosować krótszą drogę bez konieczności hodowli wirusa – wyjaśnia dr Łukasz Rąbalski.
Wyniki badań zostały opublikowane w GISAID. Do tej pory w tej globalnej, największej bazie danych, gdzie naukowcy z całego świata umieścili już ponad 5000 sekwencji, nie było ani jednego polskiego izolatu pochodzącego bezpośrednio od pacjenta. Dzięki pracy naukowców z Uniwersytetu Gdańskiego ta sytuacja już się zmieniła.
Obecnie prowadzone są kolejne sekwencjonowania wirusów pochodzących od polskich pacjentów izolowanych również w Laboratorium Hematologii Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku i w ciągu najbliższych dni zaplanowano wysyłanie kolejnych sekwencji.
Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę również Polskę w swoich badaniach związanych z globalną epidemiologią choroby COVID-19. Stanowią także ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa.
Przeczytaj także: „Osocze ozdrowieńców w walce z ciężkim przebiegiem COVID-19 – nowe inicjatywy w USA”,„Prof. Piotr Ponikowski: Chlorochina może być pierwszym zarejestrowanym lekiem na COVID-19”.
Zachęcamy do polubienia profilu „Menedżera Zdrowia” na Facebooku: www.facebook.com/MenedzerZdrowia i obserwowania kont na Twitterze i LinkedInie: www.twitter.com/MenedzerZdrowia i www.linkedin.com/MenedzerZdrowia.
Dr Łukasz Rąbalski, adiunkt w Zakładzie Szczepionek Rekombinowanych Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, jako pierwszy w Polsce uzyskał pełną sekwencję genetyczną koronawirusa SARS-CoV-2, który został wyizolowany bezpośrednio od polskiego pacjenta z Pomorza. Wcześniejszy genom z Polski zdeponowany w globalnej bazie danych GISAID pochodził z analizy wirusów namnożonych w laboratorium w liniach komórkach.
Do rozkodowania wirusa od pacjenta z Pomorza została zastosowana najnowsza generacja sekwenatorów firmy Oxford Nanopore Technologies, co oznacza brak dodatkowych procedur, które mogą wprowadzać zniekształcenia. Wykorzystano protokoły bioinformatyczne, opracowane wcześniej przez naukowców ARTIC do gromadzenia danych genetycznych w trakcie epidemii wirusa Ebola w Afryce.
Natomiast materiał genetyczny został wyizolowany w Pracowni Biologii Molekularnej Diagnostyki sp. z o.o. mieszczącej się w Siódmym Szpitalu Marynarki Wojennej w Gdańsku. Laboratorium to powstało dzięki przekazaniu specjalistycznej aparatury przez Uniwersytet Gdański - dwóch termocyklerów Light Cycler 480 II, dwóch komór laminarnych klasy BSL-2 oraz sprzętu uzupełniającego. W prace zaangażowani są pracownicy Diagnostyki oraz jako wsparcie w okresie pandemii doktoranci z Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed.
- Materiał genetyczny musi spełniać wiele norm jakościowych i ilościowych, aby możliwe było jego odkodowanie. W przypadku wirusów, których materiałem genetycznym jest jednoniciowy RNA stosuje się metody zwielokrotniające ilość materiału genetycznego. Standardowo, do tej pory, działo się to poprzez powielanie cząstek wirusowych w laboratoriach. Obecnie, dzięki osiągnięciom w dziedzinie biologii molekularnej, można zastosować krótszą drogę bez konieczności hodowli wirusa – wyjaśnia dr Łukasz Rąbalski.
Wyniki badań zostały opublikowane w GISAID. Do tej pory w tej globalnej, największej bazie danych, gdzie naukowcy z całego świata umieścili już ponad 5000 sekwencji, nie było ani jednego polskiego izolatu pochodzącego bezpośrednio od pacjenta. Dzięki pracy naukowców z Uniwersytetu Gdańskiego ta sytuacja już się zmieniła.
Obecnie prowadzone są kolejne sekwencjonowania wirusów pochodzących od polskich pacjentów izolowanych również w Laboratorium Hematologii Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku i w ciągu najbliższych dni zaplanowano wysyłanie kolejnych sekwencji.
Uzyskane dane pozwolą naukowcom z całego świata brać pod uwagę również Polskę w swoich badaniach związanych z globalną epidemiologią choroby COVID-19. Stanowią także ważny wkład w poznanie ewolucji molekularnej wirusa.
Przeczytaj także: „Osocze ozdrowieńców w walce z ciężkim przebiegiem COVID-19 – nowe inicjatywy w USA”,„Prof. Piotr Ponikowski: Chlorochina może być pierwszym zarejestrowanym lekiem na COVID-19”.
Zachęcamy do polubienia profilu „Menedżera Zdrowia” na Facebooku: www.facebook.com/MenedzerZdrowia i obserwowania kont na Twitterze i LinkedInie: www.twitter.com/MenedzerZdrowia i www.linkedin.com/MenedzerZdrowia.
